Pada awal tahun 1970-an, Bekasi mulai berkembang sebagai daerah penyangga Ibukota. Dengan semakin bertambahnya pendatang dari seluruh penjuru tanah air ke wilayah Ibukota, menyebabkan kebutuhan akan perumahan semakin meningkat. Sejalan dengan perkembangan tersebut, di sebuah perkampungan yang terletak di ujung Kalimalang dibukalah perumahan baru dengan nama Jakapermai dengan mengambil nama depan dari Kelurahan Jakasampurna. 

      Sampai dengan pertengahan tahun 1970-an, perumahan yang dirancang untuk sekitar 2000 unit rumah dengan luas wilayah sekitar 125 Ha, ternyata penghuninya masih sangat sedikit, belum sampai 30-an keluarga.

      Dengan rasa kepedulian yang tinggi untuk selalu meningkatkan keimanan dan ketaqwaan kepada Allah swt, maka pada suatu malam tepatnya tanggal 14 September 1979, mereka berkumpul dan sepakat untuk membentuk majelis taklim yang bernama Majelis Taklim Al Muhajirien. Kemudian pada tanggal 14 September 1982 ditingkatkan menjadi Yayasan Pendidikan Islam Al Muhajirien Jakapermai, dan pada tanggal 15 Januari 2002 berubah menjadi Yayasan Waqaf Al Muhajirien Jakapermai. Perubahan nama ini dimaksudkan untuk memberi penegasan bahwa semua kekayaan yayasan, baik berupa tanah maupun bangunan merupakan “Waqaf” yang tidak dapat dijual, dijaminkan, atau digunakan untuk mendapatkan kredit dari pihak bank atau pihak lainnya.